Kontrola podatkowa - jak przygotować na to firmę

Jak przygotować firmę do kontroli podatkowej?

2025-07-31 Tomek Comments Off

Dla wielu przedsiębiorców sama zapowiedź kontroli podatkowej potrafi wywołać stres i niepewność. Niezależnie od tego, czy prowadzisz jednoosobową działalność, czy zarządzasz spółką – dobrze przygotowana dokumentacja i uporządkowane procesy księgowe mogą znacząco skrócić i uprościć przebieg całej kontroli. Księgowy z Tax Safe radzi, by nie zostawiać przygotowań na ostatnią chwilę i regularnie sprawdzać newralgiczne obszary w firmie. W tym artykule przedstawiamy piętnaście praktycznych kroków, które warto wdrożyć, zanim do Twoich drzwi zapuka kontrola z urzędu skarbowego. Dzięki nim nie tylko zminimalizujesz ryzyko wykrycia nieprawidłowości, ale też zyskasz spokój i większą kontrolę nad finansami przedsiębiorstwa.

Sprawdzenie kompletności dokumentacji księgowej

Pierwszym krokiem, który należy wykonać przed kontrolą podatkową, jest dokładne przeanalizowanie kompletności dokumentacji księgowej. Oznacza to, że każda operacja gospodarcza – zarówno przychodowa, jak i kosztowa – powinna mieć odpowiednie udokumentowanie. Faktury zakupu, sprzedaży, dokumenty magazynowe, wyciągi bankowe, raporty kasowe czy potwierdzenia przelewów muszą być zarchiwizowane i przypisane do właściwych okresów rozliczeniowych. Dobrą praktyką jest uporządkowanie dokumentów według miesięcy i rodzaju transakcji – znacznie przyspieszy to proces przekazywania danych kontrolerom i ułatwi wewnętrzne porządkowanie spraw.

kontrola podatkowa

Weryfikacja poprawności deklaracji podatkowych (VAT, CIT, PIT)

Kolejnym kluczowym elementem przygotowania firmy do kontroli jest weryfikacja deklaracji podatkowych. Dotyczy to wszystkich formularzy składanych do urzędu skarbowego, w tym VAT-7, CIT-8, PIT-4R, PIT-11, IFT czy informacji podsumowujących VAT-UE. Należy sprawdzić, czy wszystkie deklaracje zostały złożone terminowo i czy zawarte w nich dane są zgodne z księgami rachunkowymi. Każda korekta powinna być odpowiednio opisana i poparta wyjaśnieniem. Warto również przygotować potwierdzenia złożenia deklaracji elektronicznych, które często są jednym z pierwszych dokumentów sprawdzanych przez kontrolujących.

Zgodność ewidencji sprzedaży z JPK i fakturami

Z perspektywy kontroli podatkowej bardzo ważne jest, by ewidencja sprzedaży była w pełni zgodna z plikami JPK_V7 oraz fakturami wystawionymi w danym okresie. Urząd skarbowy może porównać dane przesyłane drogą elektroniczną z rzeczywistymi dokumentami księgowymi, dlatego nawet drobne rozbieżności mogą być problematyczne. Warto dokładnie sprawdzić, czy wszystkie faktury zostały prawidłowo zaksięgowane, mają właściwe numery NIP, stawki VAT oraz czy nie pojawiły się błędy formalne (np. brak daty sprzedaży lub odbiorcy). Każda niezgodność powinna zostać wcześniej wychwycona i skorygowana, zanim zrobi to kontroler.

sprawdzanie faktur przed kontrola

Uporządkowanie dokumentów kadrowo-płacowych

Kontrola podatkowa może również objąć zagadnienia związane z rozliczeniami z tytułu zatrudnienia pracowników i współpracowników. Dlatego warto upewnić się, że wszystkie umowy o pracę, zlecenia, dzieła oraz aneksy i listy płac są kompletne, aktualne i zgodne z przepisami. Szczególnie istotne jest właściwe naliczanie składek ZUS i zaliczek na podatek dochodowy – ich nieprawidłowości mogą skutkować poważnymi konsekwencjami. Dobrze mieć też przygotowaną ewidencję czasu pracy, urlopów oraz dokumenty związane z rozliczeniami PIT-11 i PIT-4R. Firmy korzystające z outsourcingu kadr powinny zadbać o szybki dostęp do dokumentacji w razie wezwania.

Przygotowanie dokumentacji cen transferowych (jeśli dotyczy)

Jeśli firma dokonuje transakcji z podmiotami powiązanymi (np. spółkami z tej samej grupy kapitałowej), obowiązkowe może być przygotowanie dokumentacji cen transferowych. W zależności od skali działalności i rodzaju transakcji, konieczne może być opracowanie lokalnej dokumentacji (Local File) lub grupowej (Master File). Brak wymaganych dokumentów w razie kontroli grozi dotkliwymi sankcjami finansowymi. Przed kontrolą warto zweryfikować, czy firma podlega obowiązkowi dokumentacyjnemu, a jeśli tak – czy dokumenty są aktualne, kompletne i odzwierciedlają realne warunki rynkowe. W przypadku braku pewności – najlepiej zasięgnąć porady doradcy podatkowego lub księgowego specjalizującego się w TP.

firma a kontrola podatkowa

Analiza kont księgowych i bilansu

Przed kontrolą podatkową warto przeprowadzić dokładną analizę kont księgowych, zwłaszcza tych, które najczęściej budzą zainteresowanie urzędników – kont rozrachunkowych, przychodowych, kosztowych oraz środków trwałych i rezerw. Należy sprawdzić, czy salda kont są zgodne z dokumentami źródłowymi i czy nie występują rozbieżności między zestawieniami obrotów a bilansem. Istotne jest także zweryfikowanie poprawności zestawienia obrotów i sald za okres objęty kontrolą oraz zgodności danych bilansowych z deklaracjami CIT czy sprawozdaniami finansowymi. W przypadku wykrycia błędów – należy je poprawić i udokumentować korekty.

Weryfikacja środków trwałych i ewidencji amortyzacji

Środki trwałe są częstym przedmiotem zainteresowania podczas kontroli, dlatego ich ewidencja powinna być nie tylko kompletna, ale także zgodna ze stanem faktycznym i księgowym. Warto sprawdzić, czy wszystkie składniki majątku trwałego są wprowadzone do ewidencji, przypisano im odpowiednie stawki amortyzacyjne, a odpisy dokonywane są zgodnie z przepisami podatkowymi. Konieczne jest również upewnienie się, że likwidacje, sprzedaże lub darowizny środków trwałych zostały poprawnie ujęte w księgach. W razie potrzeby dobrze mieć także protokoły przekazania lub likwidacji sprzętu oraz dokumentację zakupową.

Przygotowanie dokumentów magazynowych i inwentaryzacyjnych

Dla firm handlowych i produkcyjnych jednym z istotniejszych obszarów kontroli są stany magazynowe oraz ich zgodność z dokumentacją księgową. Warto upewnić się, że wszystkie przyjęcia (PZ), wydania (WZ), przesunięcia międzymagazynowe oraz inwentaryzacje zostały poprawnie udokumentowane i zaksięgowane. Szczególną uwagę należy zwrócić na różnice inwentaryzacyjne i sposób ich rozliczenia. Jeśli w danym roku przeprowadzono spis z natury, należy przygotować protokoły oraz dokumentację korekt. Dobrze jest również upewnić się, że stany magazynowe na koniec roku pokrywają się z wartościami wykazanymi w księgach i sprawozdaniach finansowych.

kontrola podatkowa a firma

Zapewnienie dostępu do ePUAP / pełnomocnictw UPL i PPO

Współpraca z urzędem skarbowym wymaga formalnego umocowania osoby reprezentującej firmę. Przed kontrolą należy sprawdzić, czy aktualne są pełnomocnictwa do podpisywania deklaracji (UPL-1) oraz czy osoba kontaktowa ma pełny dostęp do ePUAP i może odbierać pisma urzędowe. W przypadku reprezentacji przez księgową lub doradcę podatkowego warto upewnić się, że posiadają oni odpowiednie upoważnienia (PPO) oraz są zgłoszeni w CEIDG lub KRS. Brak właściwych pełnomocnictw może nie tylko utrudnić kontakt z urzędem, ale również opóźnić przebieg kontroli, co wiąże się z dodatkowymi konsekwencjami formalnymi.

Zgromadzenie i sprawdzenie umów z kontrahentami

Kontrola podatkowa może objąć również badanie powiązań i zasad współpracy z kontrahentami – zwłaszcza w kontekście kosztów uzyskania przychodu oraz ewentualnych transakcji z podmiotami powiązanymi. Dlatego przed kontrolą należy zgromadzić wszystkie umowy handlowe, zlecenia, aneksy i dokumenty potwierdzające wykonanie usług czy dostaw. Szczególną uwagę warto zwrócić na umowy cywilnoprawne (np. najmu, doradztwa, licencji), które często budzą wątpliwości interpretacyjne. Umowy powinny być podpisane, przechowywane w archiwum i zgodne z danymi księgowymi. Warto przygotować także harmonogramy płatności i protokoły odbioru, które potwierdzą realność transakcji.

Sprawdzenie rozliczeń podatku u źródła (WHT)

Podatek u źródła (WHT – Withholding Tax) dotyczy płatności dokonywanych za granicę, np. z tytułu licencji, odsetek, usług niematerialnych czy dywidend. W przypadku takich transakcji urząd skarbowy często weryfikuje, czy firma prawidłowo naliczyła, pobrała i odprowadziła podatek, a także czy posiada certyfikaty rezydencji podatkowej swoich kontrahentów. Przed kontrolą warto zgromadzić dokumenty potwierdzające prawo do zastosowania zwolnień lub niższych stawek (na mocy umów o unikaniu podwójnego opodatkowania). W razie błędów lub braków formalnych – kontrola może zakwestionować koszty, naliczyć zaległości i odsetki.

Zabezpieczenie kopii zapasowych systemów księgowych

W dzisiejszych czasach niemal cała dokumentacja księgowa, finansowa i kadrowa znajduje się w systemach informatycznych. Dlatego kluczowe znaczenie ma regularne wykonywanie kopii zapasowych danych oraz sprawdzenie, czy systemy są odpowiednio zabezpieczone przed utratą lub uszkodzeniem danych. Przed kontrolą podatkową warto upewnić się, że pliki z księgowości, JPK, kadrami czy dokumentacją handlową są nie tylko dostępne, ale również możliwe do szybkiego odtworzenia i udostępnienia na żądanie organu. Jeżeli firma korzysta z zewnętrznego oprogramowania, dobrze jest mieć kontakt do dostawcy technicznego, który może pomóc w eksporcie danych.

ksiegowa

Weryfikacja zgodności JPK_V7 z ewidencją księgową

Pliki JPK_V7, przesyłane co miesiąc do urzędu, zawierają bardzo szczegółowe informacje o sprzedaży, zakupach i rozliczeniach VAT. Ich analiza to jedno z podstawowych narzędzi kontroli krzyżowych i automatycznego wykrywania nieprawidłowości. Przed rozpoczęciem kontroli warto przeprowadzić wewnętrzny audyt zgodności danych zawartych w JPK z ewidencją księgową, fakturami oraz deklaracjami VAT. Należy zwrócić uwagę na poprawność oznaczeń procedur (GTU, TP, MPP), numerów faktur, dat sprzedaży i kwot. W przypadku korekt – dobrze przygotować uzasadnienie i potwierdzenia ich złożenia. Nawet niewielkie błędy techniczne mogą skutkować wezwaniami do wyjaśnień.

Sprawdzenie historii korekt i wyjaśnień złożonych do urzędu

Firmy często składają korekty deklaracji VAT, PIT czy CIT oraz odpowiadają na wezwania z urzędu skarbowego. Przed kontrolą należy przygotować kompletną historię takich działań – zarówno złożone korekty, jak i przesłane pisma, wyjaśnienia czy wnioski. Warto mieć dostęp do potwierdzeń odbioru dokumentów przez urząd (UPO), ponieważ mogą być wymagane w przypadku sporów. Dobrze jest również przejrzeć, czy zgłaszane wcześniej nieprawidłowości zostały wyjaśnione i czy urząd nie zakwestionował żadnych rozliczeń. Dzięki temu można uniknąć nieprzyjemnych niespodzianek w trakcie kontroli.

Przygotowanie się do udzielenia wyjaśnień i wyznaczenie osoby kontaktowej

Ostatnim, ale nie mniej ważnym krokiem, jest przygotowanie się do realnej obecności kontrolerów i komunikacji z urzędem. W firmie powinna zostać wyznaczona osoba odpowiedzialna za kontakt z kontrolą – najlepiej księgowa, właściciel lub pełnomocnik. Osoba ta powinna znać strukturę dokumentacji, umieć wyjaśnić przebieg konkretnych operacji oraz potrafić reagować na pytania w sposób jasny i zgodny z rzeczywistością. Dobrą praktyką jest także krótkie przeszkolenie pracowników, aby wiedzieli, jak się zachować w razie wizyty kontrolerów i nie udzielali informacji, do których nie są upoważnieni.

Kontrola podatkowa – podsumowanie

Jeśli prowadzisz firmę i chcesz uniknąć stresu związanego z kontrolą podatkową, zadbaj o porządek w dokumentach, zgodność danych w JPK i deklaracjach, aktualne pełnomocnictwa oraz przygotowaną osobę do kontaktu z urzędem. Regularna analiza kont, ewidencji i umów z kontrahentami pozwala wyprzedzić potencjalne problemy. Im lepiej przygotowana firma, tym szybciej i spokojniej przebiegnie cała procedura kontrolna. Kontrola to nie wyrok – to sprawdzian organizacji, na który można być gotowym.